本学のPhDプログラムの構成は以下のとおりです。

1年次: 3箇所の異なるラボ（研究ユニット）をローテーションします。並行して、基礎科目、専門科目を履修します。

2年次: 博士論文研究テーマに関する研究を開始します。並行して、博士課程修了要件の科目を引き続き履修します。2年次の終わりに、博士論文研究開始のための口頭試問が行われます（早期に要件を満たした者には繰り上げ実施もあり）。

3～5年次:最終論文発表及び口頭試問に向けた博士論文の完成と提出を目指し、研究を続けます。

授与される学位：博士（学術）
*プロフェッショナル･キャリア・ディベロップメント科目は、博士課程在籍期間を通じて履修します。

既存のコースの他、プログラムの一環として、世界トップレベルの教員から最高水準の指導を受けながら行う自主研究、関心を持ったテーマの特別課題演習、世界的に有名な国際ワークショップ等を提供しています。

現在、博士課程学生の受け入れを行なっている教員のリストはこちらを参照ください。

分野の壁のないことに加え、学部間の壁のない体制は、各学生の科学的野心やこれまでの教育、現在の研究の関心に沿って、個別にテイラーメイドされたカリキュラムを作ることができます。

学生一人ひとりの学術的可能性を最大限に引き出すために、少人数制による世界トップレベルで個別の学術的指導の提供しながら、本学のカリキュラムは、自主的な科学的思考と実践的な研究を促進するよう設計されています。

90以上の最先端の研究室では、物理、化学、数学、計算科学、海洋科学、神経科学、分子生物学、細胞生物学、発生生物学、環境科学、生態学、工学・応用科学といった幅広い分野の研究が行われています。

１年次のラボローテーション、論文の共同指導の可能性、および個々に合わせたカリキュラムにより、学生は様々な研究分野を探求し、学際的な環境の中で自身の学術的成長を支える研究環境を構築することができます。

OISTのコアファシリティは、研究施設および機器を中央管理しており、すべての学生と研究者が公平にアクセスでき、適切なトレーニングを受けられるようにしています。最先端の機器をオープンかつ共有された形での利用は、学生にとって効率的に優れた学術成果を達成することを可能としています。

プロフェッショナル・キャリア開発コースは単位認定コースで、博士課程プログラム修了に必須なコースです。このプログラムでは、博士課程の学生が将来、学術界、産業界、起業家として活躍するために必要な汎用スキルを身につけることを目指しています。セミナーやワークショップ、オンライン・ミニコース、グループプロジェクトなどを通じて、これらのスキルを習得する機会を提供します。

博士課程の後半では、各自のキャリア目標に応じた多様なキャリアパスを探求できるようなコースデザインとなっており、専任のキャリア開発チームが、1対1のキャリア面談をはじめ、教育トレーニング、産業界とのネットワーキング、サイエンスコミュニケーション研修など、様々な機会を提供します。