OISTでは、国際的に競争力のある経済的支援を提供しています。博士課程の学生は、授業料を含むリサーチ・アシスタントシップを通じて、初年度に年間約252万円(課税対象)、進級に応じて最大360万円まで支給しています。さらに、沖縄への引越し支援、パソコンの貸与、学会参加のための旅費補助も含まれる「パッケージ支援」が提供されます。学外のフェローシップへの応募も強く奨励されており、採用された場合もOISTの支援と併用して、リサーチ・アシスタントシップまたはティーチングフェローシップとして最低限の支援が保証されます。
また、リサーチ・インターンは、日額2,400円の実習手当、住居(県内の自宅から通う場合は住居提供の代わりに通学手当)、自宅または教育機関と沖縄間の往復航空券の支給しています。充実した支援体制のもと、学生やインターンは世界トップレベルの研究環境で、最先端の研究に集中することができます。