沿革
2001年
| 6月 | 尾身幸次内閣府特命担当大臣（沖縄・北方対策、科学技術政策担当）（当時）が沖縄科学技術大学院大学構想を提唱 |
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| 8月 | 第1回構想検討会（座長：有馬朗人元東京大学総長）開催（計8回開催） |
2002年
| 4月 | 第1回国際顧問会議をロサンゼルスにて開催。（海外からは9名の著名な研究者が参加。うち3名はノーベル賞受賞者）（計3回開催） |
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| 5月 | 沖縄復帰30周年記念式典において、小泉純一郎内閣総理大臣（当時）が沖縄科学技術大学院大学の推進を表明。 |
| 7月 | 沖縄振興計画において、本構想を沖縄の振興施策の大きな柱として位置づけ。 |
2003年
| 1月 | 第156回国会施政方針演説において、小泉純一郎内閣総理大臣（当時）が本構想の推進を改めて表明。 |
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| 4月 | 恩納村を大学院大学の建設予定地として選定。 |
| 7月 | 国際顧問会議の決定に基づき、評議会（議長：ジェローム・フリードマンMIT教授）を東京において開催。 |
| 10月 | 本構想の先行事業として、国際シンポジウムを万国津梁館において開催。 |
2004年
| 2月 | 本構想の先行事業となる研究事業 Initial Research Project（IRP）として、4件のプロジェクトを選定。 |
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| 3月 | 本構想の先行事業として、第1回国際ワークショップを開催。 |
| 12月 | 関係閣僚による申し合わせが行われ、2005年9月に本構想の主体となる研究機関の設立に合意。 |
2005年
| 3月 | 沖縄科学技術大学院大学構想の推進主体を設立する独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構法が国会にて可決。 |
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| 8月 | シドニー・ブレナー博士を沖縄科学技術研究基盤整備機構の初代理事長として指名。 |
| 9月 | 独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構発足。 |
2006年
| 1月 | OIST P.C. 設立後、第1回BOG会合をサンフランシスコにて開催。 |
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| 4月 | 恩納村における最初の施設として完成したOIST Seaside House へ本部移転 |
2007年
| 4月 | 沖縄科学技術大学院大学（仮称）メインキャンパス施設整備事業起工式典 |
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2008年
| 7月 | 沖縄科学技術大学院大学の「青写真」を決定 |
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| 11月 | シーサイドファカルティ宿舎の完成 |
2009年
| 3月 | 沖縄科学技術大学院大学学園法案国会提出 |
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| 6月 | 同法案衆議院本会議にて可決（全会一致）（6月11日） |
| 7月 | 同法案参議院本会議にて可決（全会一致）（7月3日） 沖縄科学技術大学院大学学園法公布（7月10日） |
| 10月 | 沖縄科学技術大学院大学学園設立委員第1回会合を東京にて開催 |
2010年
| 3月 | センター棟および研究棟1 供用開始 第9回BOG会合及び沖縄科学技術大学院大学学園設立委員第2回会合を沖縄にて開催 |
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| 7月 | 沖縄科学技術大学院大学学園設立委員がジョナサン・ドーファン博士を沖縄科学技術大学院大学の初代学長予定者に選出 |
| 8月 | 恩納村／OISTこどもかがく教室を谷茶公民館で開催。 |
2011年
| 10月 | 文部科学省より学校法人寄附行為認可及び大学設置認可を受ける |
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| 11月 | 学校法人沖縄科学技術大学院大学学園設立 |
2012年
| 2月 | 講堂完成 |
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| 6月 | 研究棟2完成 |
| 9月 | 沖縄科学技術大学院大学博士課程開設 |
2014年
| 8月 | チャイルドディベロップメントセンター完成 |
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2015年
| 4月 | 研究棟3完成 |
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2016年
| 7月 | OIST マリン・サイエンス・ステーションが完成 |
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2017年
| 1月 | ピーター・グルース博士が、2017年1月1日に沖縄科学技術大学院大学二代目学長に就任 |
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| 11月 | 名誉学長のジョナサン・ドーファン博士が日本政府より旭日重光章を受章 |
2018年
| 2月 | 第1回沖縄科学技術大学院大学学位記授与式 |
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